Polymorphisme nucléotidique
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La molécule d'ADN 1 diffère de la 2 par un seul nucléotide (polymorphisme C/T).
Le polymorphisme nucléotidique (PN) ou polymorphisme d'un seul nucléotide (PSN) (single-nucleotide polymorphism en anglais) est, en génétique, la variation (polymorphisme) d'une seule paire de bases du génome, entre individus d'une même espèce. Ces variations sont très fréquentes (environ une paire de bases sur mille dans le génome humain[1],[2]).
Les SNP représentent 90 % de l'ensemble des variations génétiques humaines, et des SNP avec une fréquence allélique supérieure à un pour cent sont présents toutes les cent à trois cents paires de bases en moyenne dans le génome humain, où deux SNP sur trois substituent la cytosine avec la thymine.
Les SNP sont à la base des différences dans notre susceptibilité à la maladie; cela est valable pour un large éventail de maladies humaines, avec notamment la drépanocytose, la β-thalassémie et la fibrose kystique[3],[4],[5] La gravité des maladies et la manière dont notre corps répond aux traitements sont aussi des manifestations de cette variation génétique. Par exemple, une seule mutation d'une paire de base dans le gène Apo E (Apolipoprotéine E) est associé avec un risque plus élevé pour la maladie d'Alzheimer[6].
Sommaire
1 Localisation
2 Types
3 Utilisation
4 Fréquence
5 Notes et références
6 Voir aussi
6.1 Liens externes
Localisation |
Les SNP peuvent se retrouver au sein de régions codantes de gènes (exon), de régions non codantes de gènes (intron), ou de régions intergéniques, entre les gènes. Dans le cas où les SNP se retrouvent au sein des régions codantes, celles-ci ne vont pas obligatoirement modifier la séquence d'acide aminé de la protéine produite, et ce, grâce à la redondance du code génétique.
Les SNP qui se retrouvent dans des régions non codantes peuvent avoir des conséquences sur l'épissage, les facteurs de transcription, ou sur les séquences d'ARN non codant.
Types |
On parlera de formes alléliques synonymes dans le cas où plusieurs formes d'un SNP mènent à la même séquence polypeptidique, et de formes non synonymes dans le cas où les séquences produites diffèrent. Bien entendu ceci ne s'applique qu'aux régions codantes du génome. Dans le langage courant, on parlera alors de "mutations synonymes/non synonymes".
Utilisation |
Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.
Fréquence |
En moyenne un SNP est rencontré tous les 100 à 1000 nucléotides. Il y en a de l'ordre de 5 x 106 dans le génome humain. Certaines associations de SNP sont caractéristiques de certaines populations.. La distribution des SNP est au hasard. Dans n'importe quel gène on peut attendre une moyenne de 10 SNP, mais certains peuvent n'en présenter aucun. En 2001 on avait recensé 800 000 SNP dans le génome humain.
Chromosome | nombre de SNP | Chromosome | nombre de SNP | Chromosome | nombre de SNP |
| 1 | 16759 | 9 | 5790 | 17 | 6392 |
| 2 | 12748 | 10 | 6014 | 18 | 2682 |
| 3 | 10112 | 11 | 6931 | 19 | 7664 |
| 4 | 6995 | 12 | 7375 | 20 | 5381 |
| 5 | 9146 | 13 | 2847 | 21 | 3478 |
| 6 | 13888 | 14 | 5827 | 22 | 5400 |
| 7 | 12389 | 15 | 4343 | X | 3253 |
| 8 | 4962 | 16 | 5771 | Y | 63 |
| | | | | Total | 177594 |
Tableau de Répartition des SNP connus sur les chromosomes humains.
Notes et références |
Neil Campbell et Jane Reece, Biologie, 7e édition, Pearson Education, 2007, p. 438.
http://www.futura-sciences.com/fr/doc/t/genetique/d/diversite-genetique-et-question-de-races_786/c3/221/p6/
V. M. Ingram, « A specific chemical difference between the globins of normal human and sickle-cell anaemia haemoglobin », Nature, vol. 178, 13 octobre 1956, p. 792–794 (ISSN 0028-0836, PMID 13369537, lire en ligne)
J. C. Chang et Y. W. Kan, « beta 0 thalassemia, a nonsense mutation in man », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 76, 1er juin 1979, p. 2886–2889 (ISSN 0027-8424, PMID 88735, PMCID 383714, lire en ligne)
A. Hamosh, T. M. King, B. J. Rosenstein et M. Corey, « Cystic fibrosis patients bearing both the common missense mutation Gly----Asp at codon 551 and the delta F508 mutation are clinically indistinguishable from delta F508 homozygotes, except for decreased risk of meconium ileus », American Journal of Human Genetics, vol. 51, 1er août 1992, p. 245–250 (ISSN 0002-9297, PMID 1379413, PMCID 1682672, lire en ligne)
Andrew B. Wolf, Richard J. Caselli, Eric M. Reiman et Jon Valla, « APOE and neuroenergetics: an emerging paradigm in Alzheimer's disease », Neurobiology of Aging, vol. 34, 1er avril 2013, p. 1007–1017 (ISSN 1558-1497, PMID 23159550, PMCID 3545040, DOI 10.1016/j.neurobiolaging.2012.10.011, lire en ligne)
Voir aussi |
- Étude d'association pangénomique
- Variabilité du nombre de copies
Liens externes |
- http://www.edu.upmc.fr/sdv/masselot_05001/polymorphisme/snp.html
(en) SNPedia - Wiki consacré au SNP
(en) openSNP, une base de données crowdsourcing permettant aux clients de services DTC (Direct to consumer) comme 23andMe de stocker leurs données
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